Per le aziende agricole costituisce sicuramente un aggravio, sia burocratico sia in termini di maggiori costi, il trasporto e lo smaltimento dei rifiuti prodotti. Una prima semplificazione è stata disposta all'inizio della legislatura con l'art. 4-quinquies del D.L. n. 171/08 per la competitività. La norma - ora scritta al comma 5 dell'articolo 193 del codice ambientale (D.lgs. n. 152/06) - esonera anche dalla procedura semplificata, prevista dal comma 8 dell’art. 212, coloro che trasportano i propri rifiuti (sia non pericolosi che pericolosi) purché: non superino i trenta chili o i trenta litri; il trasporto costituisca parte integrante ed accessoria dell'organizzazione dell'impresa dalla quale i rifiuti sono prodotti; il trasporto sia esclusivamente finalizzato al conferimento al gestore del servizio pubblico di raccolta dei rifiuti urbani con il quale è stata stipulata una convenzione.

Più recentemente l’art. 28 del D.L. n. 5/12, sulle semplificazioni e lo sviluppo, ha modificato ancora una volta l’art. 193 del codice dell’ambiente per consentire di semplificare le operazioni di movimentazione dei rifiuti agricoli tra fondi non contigui appartenenti alla medesima azienda, o verso il fondo di cooperativa della quale si è soci.
Con l’aggiunta del comma 9-bis è stato specificato che non devono essere considerati operazioni di “trasporto” dei rifiuti - e ad esse pertanto non si applica la disciplina contenuta nella parte quarta del Testo Unico – le seguenti operazioni di trasferimento:
- movimentazione di rifiuti tra fondi appartenenti alla medesima azienda agricola distanti non più di 10 km, ancorché effettuata percorrendo la pubblica via, qualora risulti comprovato da elementi oggettivi ed univoci che sia finalizzata unicamente al raggiungimento del deposito temporaneo;
- movimentazione di rifiuti effettuata dall'imprenditore agricolo (definito all'art. 2135 c.c.) dai propri fondi al sito che sia nella disponibilità giuridica della cooperativa agricola di cui è socio, qualora sia finalizzata al raggiungimento del deposito temporaneo. Le disposizioni sono state estese ai consorzi agrari con l'art. 52 del D.L. n. 83/12 (comma 2-ter)

Sono invece andate deluse le aspettative del settore a causa della cancellazione - da parte della Camera in seconda lettura, per estraneità della materia - delle disposizioni introdotte dal Senato in sede di conversione del D.L. n. 2/12 in materia ambientale. Soppressi, fra gli altri, l'art. 1-bis sul compostaggio e sul trasporto dei rifiuti agricoli nell'ambito di aziende consorziate e l'art. 1-ter e 3-bis in materia di semplificazione delle procedure per il compostaggio dei rifiuti provenienti da mense e parchi. Nella sostanza le norme semplificavano gli adempimenti amministrativi e tecnici nella gestione dei rifiuti agricoli migliorandone la raccolta e rendendola meno onerosa per gli imprenditori agricoli. Le norme peraltro semplificavano le possibilità di utilizzare a fini agronomici ed energetici biomasse importanti, come i residui delle potature del verde pubblico e gli effluenti zootecnici destinati agli impianti di produzione di biogas, chiarendone lo status di "sottoprodotto" invece che "rifiuto" - oggi regolato dall'art. 184 del codice dell'ambiente.

Un’ultima modifica al codice ambientale è stata introdotta con l’art. 52 del D.L. n. 83/12, per la crescita, che ha trasformato gli effluenti degli allevamento e i residui di origine vegetale da rifiuti a sottoprodotti, consentendone il reimpiego come concimi. Pertanto l’art. 184-bis del D.Lgs. 152/2006, che reca la definizione di sottoprodotto, si applica ora al digestato ottenuto dalla digestione anaerobica, eventualmente associata anche ad altri trattamenti di tipo fisico-meccanico, di effluenti di allevamento, o residui di origine vegetale, o residui delle trasformazioni o delle valorizzazioni delle produzioni vegetali effettuate dall’agro-industria (anche se miscelati fra di loro), che sia utilizzato ai fini agronomici.
Un decreto interministeriale dovrà definire:
- caratteristiche e modalità di impiego del digestato equiparabile, per quanto attiene agli effetti fertilizzanti e all’efficienza di uso, ai concimi di origine chimica;
- modalità di classificazione delle operazioni di disidratazione, sedimentazione, chiarificazione, centrifugazione ed essiccatura.

Sono invece diventati sottoprodotti, dei quali è consentita la combustione, le vinacce ed il biogas ottenuto dalle borlande della distillazione, nonché la pollina ottenuta dalle deiezioni degli allevamenti avicoli, alle condizioni stabilite dall’art. 2-bis del D.L. n. 171/08.