Gli enti operanti nel settore della ricerca in agricoltura sono stati profondamente riformati nell'ambito della complessiva riforma amministrativa avviata con le leggi Bassanini. Nel settore era fortemente sentita l'esigenza di un riordino complessivo, stante l'esistenza di una pluralità di organismi operanti e la concomitante mancanza di un organo di coordinamento che potesse indirizzare in maniera unitaria la ricerca e la sperimentazione agraria.
La frammentazione del sistema era stata infine oggetto di rilievi da parte della Corte dei Conti che aveva stigmatizzato lo spreco di risorse conseguente all'inefficienza del sistema organizzativo.
Il riordino del settore è poi avvenuto con il D.lgs. n. 454/99 che ha:
La riorganizzazione del settore ha dovuto anche tener conto del D.L. 112/08 che (art. 74) ha richiesto una riduzione degli assetti organizzativi anche da parte degli enti di ricerca pubblici, secondo principi di efficienza, razionalità ed economicità.
Peraltro lo stesso decreto 112 (art. 28) ha operato una riduzione degli esistenti enti: con l'istituzione dell’Istituto superiore per la protezione e la ricerca ambientale (ISPRA), al posto della soppressa Agenzia, ha disposto che nel nuovo istituto confluissero anche due enti in precedenza vigilati dal Dicastero agricolo: l'Istituto Nazionale per la fauna selvatica (INFS) - che aveva compiti di ricerca e consulenza statale e regionale in tema di conservazione e gestione del patrimonio faunistico nazionale - e l'Istituto Centrale per la Ricerca scientifica e tecnologica applicata al mare (ICRAM) - cui spettava lo studio della vita biologica del mare. La fusione è stata regolata con il D.M. n. 123/2010 del Ministero dell'Ambiente.
Successivamente il D.L. n. 78/2010 per la stabilizzazione, con l’art. 7, co. 20, ha soppresso:
Con il D.L. n. 95/12, secondo sulla spending review, anche l'INRAN è stato soppresso a decorrere dal 7 luglio 2012 e le funzioni acquisite in materia di certificazione ufficiale dei prodotti sementieri sono state trasferite all'Ente risi, mentre tutte le altre sono state attribuite al CRA (art. 12, commi 1-6). Il sofferto quadro di revisione delle competenze si è concluso con la legge di stabilità 2013, L. n. 288/12, che per evitare che l'ente di commercializzazione del riso si trovi ad avere anche un ruolo nella certificazuione del prodotto, ha trasferito al CRA anche le funzioni nella materia sementiera.
Nel sistema dei soggetti pubbblici vigilati dal Dicastero agricolo va anche menzionato l'"Istituto di Servizi per il Mercato Agricolo Alimentare" (ISMEA), ente pubblico economico che proviene dall'accorpamento del precedente "Istituto per Studi, Ricerche e Informazioni sul Mercato Agricolo" (già ISMEA) e della Cassa per la Formazione della Proprietà Contadina (D.Lgs. n. 419/99). Da soggetto nato per lo studio dei mercati agricoli, l'attuale Istituto si è trasformato in soggetto che fornisce fondamentalmente servizi: informativi, ma soprattutto assicurativi e finanziari, concedendo alle imprese agricole forme di garanzia creditizia e finanziaria anche dirette al riordino fondiario.
Al Senato la 9° Commissione Agricoltura ha svolto, tra il 2011 e il 2012, una Indagine conoscitiva sulle funzioni espletate dagli Enti vigilati dal Mipaf, procedendo anche all'audizione degli enti di ricerca rientranti nella categoria, che hanno informato l'altro ramo parlamentre sull'attività svolta, anche alla luce della generale revisione dei soggetti incaricati e dei compiti attribuiti.
Il Consiglio, posto sotto la vigilanza del Dicastero agricolo, è dotato di personalità giuridica di diritto pubblico, con autonomia scientifica, statutaria, amministrativa e finanziaria, e si configura quale ente di programmazione generale della ricerca del comparto agroindustriale.
L'attività del settore si deve quindi svoltgere sulla base un piano triennale di attività (che può annualmente essere rivisto) che, approvato dal Dicastero agricolo, è predisposto dal Consiglio in modo da essere coerente con la programmazione scientifica nazionale definita nel Piano nazionale delle Ricerche (PNR) del MIUR, Ministero dell'istruzione, dell'università e della ricerca.
L’attività attribuita al Consiglio, e svolta dagli istituti diffusi sul territorio, deve essere diretta a:
Le fonti di finanziamento del CRA sono costituite dalle seguenti entrate:
Dall'ultima relazionedella Corte di Conti, trasmessa nel gennaio 2012, risulta che il Consiglio è riuscito ad accrescere e differenziare le proprie fonti di finanziamento partecipando a bandi sia nazionali che europei di ricerca che hanno assicurato un adeguato livello di entrate. Sono nel complesso aumentate le fonti di finanziamento di progetti diverse da quelle del Mipaaf, che nel 2010 hanno superato la soglia del 40% dei contributi finanziari ricevuti.
Anche l'attività brevettuale produce importanti risorse attraverso lo sfuttamento del proprio portafoglio costituito da 200 titoli: 25 per invenzioni industriali e 175 per costituzione di nuove varietà vegetali. Sono stati 19 i nuovi brevetti depositati nel biennio 2009-2010.
Va aggiunto che la riorganizzazione del settore da parte del CRA, resa operativa nel 2007 (D.M. n. 943/2006), ha consentito la razionalizzazione dell’intera rete degli istituti e la riduzione delle strutture periferiche, che sono passate da 82 a 47: 15 Centri di ricerca e 32 Unità di ricerca.
Tutte le strutture fanno capo a quattro Dipartimenti: sulla produzione vegetale; per le produzioni animali; per i prodotti agroindustriali; e il Dipartimento agronomia, foreste e territorio.
Il sistema della ricerca agricola non si limita alle strutture vigilate dal Mipaaf - che contano grosso modo 1.600 dipendenti, più di 500 dei quali ricercatori - ma vede la partecipazione anche di altri soggetti pubblici, o privati, ma anche di strutture no profit, oggetto ormai di una specifica indagine ISTAT, sulla base della quale INEA ha elaborato propri dati sul sistema della conoscenza in agricoltura.
Tra le strutture pubbliche della ricerca vanno incluse le Università finanziate dal MIUR, che contano 4 facoltà di medicina veterinaria e 24 facoltà di agraria; e ancora, vigilato e finanziato dal MIUR, non va dimenticato il CNR, che partecipa all'attività con il Dipartimento agroalimentare che gestisce 20 istituti.
Tra i soggetti pubblici è poi aumentato il ruolo delle regioni che in conseguenza della riforma del tit. V della Costituzione intervengono con proprie disposizioni, mentre molto limitata è la ricerca privata: se le aziende agricole sono quasi escluse, contenuta risulta anche la partecipazione delle industrie agroalimentari.
Quanto al governo della ricerca, fondamentale è il ruolo del MIUR, soggetto cui spetta la programmazione della ricerca scientifica in Italia, attraverso la definizione del PNR, sul quale viene anche sentito il Ministero dell'agricoltura. Il Programma nazionale della ricerca (PNR) 2011-2013ha individuato le aree tematiche prioritarie, tra le quali ha inserito il Sistema agroalimentare, che corrisponde - a causa della reciproca forte interconnessione - "all’insieme delle produzioni primarie, vegetali e animali, trasformate in alimenti, energia e prodotti non-alimentari" (p. 164 ss.).
Proprio la stretta collaborazione del Mipaaf con l'Ufficio Ricerca Internazionale del MIUR ha consentito di aderire all’iniziativa europea - valida fino al 2020 – denominata "Programmi congiunti" (JPI, Joint Programming Initiative), che prevede la collaborazione delle strutture di ricerca di 21 paesi UE (tra Stati Membri ed associati). L'attività coordinata dei due organismi ministeriali ha portato infine all'approvazione (dicembre 2009) delle proposte di iniziative sui seguenti temi: "Agriculture, Food Security, and Climate Change" e "A Healthy Diet for a Healthy Life”, che condizioneranno nei prossimi anni le attività di ricerca nel settore agro-alimentare nazionale.