I due protocolli prevedono:

• la trasmissione diretta ai Parlamenti nazionali:

-  dei documenti di consultazione della Commissione;

-  di tutte le proposte legislative, nonché delle loro modifiche nel corso del procedimento;

-  del programma legislativo annuale, della strategia politica annuale e degli altri strumenti di programmazione della Commissione;

-  della relazione annuale della Commissione sull’applicazione dei princìpi fondamentali in tema di delimitazione delle competenze;

-  della relazione annuale della Corte dei conti.

• Il vincolo di far intercorrere un periodo di otto settimane tra la data in cui si mette a disposizione dei parlamenti nazionali, nelle lingue ufficiali dell'Unione, un progetto di atto legislativo e la data in cui questo è iscritto all'ordine del giorno provvisorio del Consiglio ai fini della sua adozione o dell'adozione di una posizione nel quadro di una procedura legislativa. Nel corso di queste otto settimane non può essere constatato alcun accordo riguardante il progetto di atto legislativo e tra l'iscrizione di un progetto di atto legislativo all'ordine del giorno provvisorio del Consiglio e l'adozione di una posizione devono trascorrere dieci giorni. Sono ammesse eccezioni nei casi urgenti debitamente motivati;
• la comunicazione diretta ai Parlamenti nazionali degli ordini del giorno e dei risultatideilavori del Consiglio –  compresi i processi verbali delle sessioni nelle quali il Consiglio delibera su progetti di atti legislativi europei - nello stesso momento in cui sono comunicati ai Governi degli Stati membri;
• la  possibilità  per ciascun Parlamento nazionale (o  Camera) di sollevare obiezioni, entro un termine di otto settimane dalla data di trasmissione di un progetto, sulla corretta applicazione del principio di sussidiarietà (cosiddetto early warning o allerta precoce) in relazione alle proposte legislative.

L’obiezione assume la forma di un parere motivato da inviare ai Presidenti del Parlamento europeo, del Consiglio e della Commissione nel quale sono esposte le ragioni per le quali si ritiene che la proposta in causa non sia conforme al principio di sussidiarietà.

Il Trattato di Lisbona prevede che qualora i pareri motivati rappresentino almeno un terzo dell’insieme dei voti attribuiti ai Parlamenti nazionali il progetto deve essere riesaminato (cosiddetto cartellino giallo). A tal fine ciascun Parlamento nazionale dispone di due voti, ripartiti in funzione del sistema parlamentare nazionale; in un sistema parlamentare nazionale bicamerale ciascuna delle due Camere dispone di un voto. Ciascun Parlamento nazionale o ciascuna Camera può consultare all’occorrenza i Parlamenti regionali con poteri legislativi. La soglia per l’obbligo di riesame è abbassata a un quarto, nel caso di proposte della Commissione o di una iniziativa di un gruppo di Stati membri che si riferiscono allo spazio di libertà sicurezza e giustizia.

Al termine del riesame il progetto in questione può essere – con una decisione motivata - mantenuto, modificato o ritirato.

Il Trattato di Lisbona attribuisce, inoltre, ai Palamenti nazionali un potere di attivare una procedura di intervento sul procedimento legislativo (cosiddetto cartellino arancione). In base a tale procedura qualora i pareri motivati sul mancato rispetto del principio di sussidiarietà da parte di una proposta di atto legislativo rappresentino almeno la maggioranza semplice dei voti attribuiti ai Parlamenti nazionali la proposta è riesaminata. Al termine di tale riesame, la Commissione può decidere di mantenere la proposta, di modificarla o di ritirarla. Qualora scelga di mantenerla, la Commissione spiega, in un parere motivato, perché ritiene la proposta conforme al principio di sussidiarietà. Il parere motivato della Commissione e i pareri motivati dei parlamenti nazionali sono sottoposti al legislatore dell'Unione affinché ne tenga conto nella procedura:

a) prima della conclusione della prima lettura, il legislatore (Consiglio e Parlamento europeo) esamina la compatibilità della proposta legislativa con il principio di sussidiarietà, tenendo particolarmente conto delle ragioni espresse e condivise dalla maggioranza dei parlamenti nazionali, nonché del parere motivato della Commissione;

b) se, a maggioranza del 55% dei membri del Consiglio o a maggioranza dei voti espressi in sede di Parlamento europeo, il legislatore ritiene che la proposta non sia compatibile con il principio di sussidiarietà, la proposta legislativa non forma oggetto di ulteriore esame.

• La  facoltà  per ciascun Parlamento nazionale (o  Camera)  di presentare –  attraverso la trasmissione effettuata dai relativi Stati membri - un ricorso alla Corte di giustizia per violazione del principio di sussidiarietà;
• l’organizzazione di una efficace e regolare cooperazione interparlamentare definita congiuntamente da Parlamento europeo e Parlamenti nazionali;
• la possibilità per la Conferenza degli organismi specializzati negli affari comunitari ed europei (COSAC) di sottoporre all'attenzione delle istituzioni europee i contributi che ritiene utili; la Conferenza promuove inoltre lo scambio di informazioni e buone prassi tra i Parlamenti degli Stati membri e il Parlamento europeo, nonché tra le loro commissioni specializzate, e può altresì organizzare conferenze interparlamentari su temi specifici che rientrano nella politica estera e di sicurezza comune e nella politica di sicurezza e di difesa comune.

L’articolo 48 del Trattato sull’Unione europea (TUE),  relativamente alla procedura di revisione ordinaria, stabilisce che:

• i progetti di modifica del Trattato sono notificati ai Parlamenti nazionali;
• nel caso in cui il Consiglio europeo decida di procedere nell’esame delle modifiche proposte, esso convoca una Convenzione composta da rappresentanti dei Parlamenti nazionali, dei Governi, del Parlamento europeo e della Commissione. La Convenzione esamina i progetti di revisione e adotta per consenso una raccomandazione alla Conferenza dei rappresentanti dei Governi, cui spetta di comune accordo di stabilire le modifiche da apportare al Trattato.

Sempre l’articolo 48 del TUE,  relativamente alla procedura di revisione semplificata, prevede che ogni iniziativa del Consiglio europeo volta ad estendere, deliberando all’unanimità, la procedura legislativa ordinaria ed il voto a maggioranza qualificata ai settori cui si applicano procedure legislative speciali o il voto all’unanimità (c.d. clausola passerella) sia trasmessa ai Parlamenti nazionali. In caso di opposizione di un Parlamentonazionale, notificata entro sei mesi dalla data di trasmissione, la decisionenon è adottata.

L’articolo 49 del TUE,  relativo alla procedura di adesione all’Unione europea, prevede che i Parlamenti nazionali (e il Parlamento europeo) siano informati della domanda di adesione proveniente da uno Stato europeo che desideri diventare membro dell’Unione.

L’articolo 70 del Trattato sul funzionamento dell'Unione europea (TFUE) prevede che i Parlamenti nazionali siano informati dei risultati della valutazione dell’attuazione delle politiche dell’Unione relative allo spazio di libertà, sicurezza e giustizia.

L'articolo 71 del TFUE  dispone che i Parlamenti nazionali siano informati dei lavori che si svolgono nel comitato permanente, istituito all'interno del Consiglio, per la promozione e il rafforzamento della cooperazione operativa in materia di sicurezza interna nell'ambito dello spazio di libertà, sicurezza e giustizia;

Gli articoli 85 e 88 del TFUE prevedono che i Parlamenti nazionali siano associati rispettivamente alle valutazioni dell’attività di Eurojust ed al controllo delle attività dell’Europol. I Parlamenti nazionali sono inoltre tenuti informati dei lavori del Comitato politico istituito in seno al Consiglio dell’UE per promuovere e rafforzare la cooperazione operativa in materia di sicurezza interna.

L'articolo  81 del TFUE prevede che i Parlamenti nazionali debbano essere informati in merito a proposte su aspetti del diritto di famiglia aventi implicazioni transnazionali. Se un Parlamento nazionale comunica la sua opposizione entro sei mesi dalla data di tale informazione, la decisione non è adottata.

Il nuovo art. 352 del TFUE prevede che se un’azione appare necessaria per realizzare obiettivi stabiliti dai Trattati, senza che questi abbiano previsto i poteri d’azione da parte dell’Unione, il Consiglio dei ministri può deliberare all’unanimità, su proposta della Commissione e previa approvazione del Parlamento europeo (clausola di flessibilità). In questo caso la Commissione europea deve richiamare l’attenzione dei Parlamenti nazionali, nel quadro della procedura di controllo del principio di sussidiarietà.